Sus excepcionales condiciones estratégicas hicieron de este enclave desde los tiempos más remotos punto muy favorable para el establecimiento de núcleos defensivos. Así, a partir de una primera fortificación de origen celta, en esta cima se han erigido fortalezas romanas, árabes y cristianas.
Tras ser ocupada a los árabes en el siglo XIII, Fernando III la entregó a la Orden de Alcántara a cambio de Trujillo. La institución estableció aquí su Casa Prioral, constituyéndose de tal modo en cabeza de toda la Serena. A finales del XV el Priorato se trasladó a Villanueva, iniciándose con ello la decadencia de Magacela.
El elemento más significado del lugar es el formidable castillo que lo domina y a cuyo abrigo surgió la población. Se trata de una fortificación con triple recinto de piedra y hormigón en cuyos cimientos se aprecian los similares ciclópeos de la primitiva obra romana. Una poderosa torre del Homenaje, aljibes y otros restos, atestiguan la importancia de la obra. En ella se conservan también los restos de la antigua iglesia de Santa Ana, parroquia primitiva de Magacela, la cual se mantuvo en culto hasta que resultó incendiada en 1937, y del viejo cementerio.
La población permaneció en el interior de la fortaleza hasta el siglo XIV, en que el caserío comenzó a descender por la ladera. Dada la escabrosidad del terreno, la disposición de las edificaciones sobre la fuerte pendiente constituye un prodigio de habilidad y pragmatismo. En la zona más alta las calles son tortuosas y con acusada cuesta, formando quiebros y desniveles donde abundan los rincones de gran pintoresquismo.
Las calzadas dispuestas por delante de las viviendas, las portadas góticas y demás componentes, originan un panorama urbanístico de insuperable plasticismo. En ese ámbito se sitúan la Ermita de San Antonio, primitiva parroquia extramuros, el Hospital de Caridad, la cárcel vieja y la casa del Intendente de la Orden de Alcántara. En la parte baja se levantó hace unas décadas una nueva iglesia parroquial
Al pie de la población, ya en el llano, se sitúa la Ermita de los Remedios, iglesia del antiguo convento prioral alcantarino, erigido a finales del siglo XV por el Prior Cristóbal Bravo de Lagunas, cuyo monumento funerario acoge. No lejos se conserva un magnífico dolmen.
Aunque ha habido algunas modificaciones en el aspecto urbanístico, lo que aún se conserva del casco histórico hace de Magacela un conjunto inigualable cuya visita permite gozar de su configuración y rincones, y de las irrepetibles panorámicas que se dominan desde su atalaya. En 1993 la localidad fue declarada como Bien de Interés Cultural en la categoría de Conjunto por la Junta de Extremadura